Hangi phpMyAdmin sürümünün kullanılacağı, kurulu olan sürüme bağlıdır:

• Alt sunucunun kendi phpMyAdmin kurulumu varsa, o kurulum kullanılır.
• Aksi takdirde, en üst düzey sanal sunucuda phpMyAdmin kuruluysa, bu kurulum hem en üst düzey sunucu hem de kendi phpMyAdmin'i olmayan alt sunucular için kullanılır.
• Aksi takdirde, sistemin varsayılan phpMyAdmin kurulumu kullanılacaktır.

Bu, örneğin pma.example.tld gibi özel bir sunucu adı altında paylaşımlı bir phpMyAdmin örneği kullanmak istediğinizde, gerektiğinde sanal sunucu başına kurulumlara da izin vermek istediğinizde faydalı olabilir.

Dikkatli olun, yalnızca tamamen güvendiğiniz sanal sunucuya sahip özel bir sunucu adı altında paylaşılan "sistem varsayılanı" phpMyAdmin'i kullanın. Diğer sanal sunucularda kendi phpMyAdmin'leri kurulu değilse, bu varsayılan örneği kullanacaklardır; bu da MySQL oturum açma bilgilerinin bu örneğe iletilmesi anlamına gelebilir. Barındıran sanal sunucu tehlikeye girerse, yanlış yapılandırılırsa veya tamamen güvenmediğiniz biri tarafından kontrol edilirse, bu kimlik bilgileri açığa çıkabilir.