Ktorý phpMyAdmin sa použije, závisí od toho, čo je nainštalované:

• Ak má subserver vlastnú inštaláciu phpMyAdmin, použije sa táto inštalácia.
• V opačnom prípade, ak má virtuálny server najvyššej úrovne nainštalovaný phpMyAdmin, táto inštalácia sa použije pre server najvyššej úrovne aj pre všetky podservery, ktoré nemajú vlastný
• V opačnom prípade sa použije táto predvolená inštalácia phpMyAdmin systému

Toto môže byť užitočné, keď chcete jednu zdieľanú inštanciu phpMyAdmin (napríklad pod vyhradeným názvom hostiteľa, ako je pma.example.tld ), pričom stále umožňuje inštalácie pre jednotlivé virtuálne servery, keď je to potrebné.

Pozor, zdieľaný „systémový predvolený“ phpMyAdmin pod vyhradeným názvom hostiteľa používajte iba v prípade, že plne dôverujete virtuálnemu serveru, ktorý ho hosťuje. Ak iné virtuálne servery nemajú nainštalovaný vlastný phpMyAdmin, použijú túto predvolenú inštanciu, čo môže znamenať, že sa im na prihlásenie odošlú ich prihlasovacie údaje do MySQL. Ak je hostiteľský virtuálny server napadnutý, nesprávne nakonfigurovaný alebo ovládaný niekým, komu úplne nedôverujete, tieto prihlasovacie údaje by mohli byť odhalené.