Který phpMyAdmin se použije, závisí na tom, co je nainstalováno:

• Pokud má subserver vlastní instalaci phpMyAdmin, použije se tato instalace.
• V opačném případě, pokud je na virtuálním serveru nejvyšší úrovně nainstalován phpMyAdmin, tato instalace se použije jak pro server nejvyšší úrovně, tak pro všechny subservery, které nemají vlastní.
• Jinak bude použita tato výchozí systémová instalace phpMyAdmin.

To může být užitečné, pokud chcete jednu sdílenou instanci phpMyAdmin (například pod vyhrazeným názvem hostitele, jako je pma.example.tld ) a zároveň chcete v případě potřeby umožnit instalaci pro jednotlivé virtuální servery.

Pozor, sdílený „výchozí systémový“ phpMyAdmin pod vyhrazeným názvem hostitele používejte pouze v případě, že plně důvěřujete virtuálnímu serveru, který jej hostuje. Pokud jiné virtuální servery nemají nainstalovaný vlastní phpMyAdmin, použijí tuto výchozí instanci, což může znamenat, že se na něj pro přihlášení předávají jejich přihlašovací údaje k MySQL. Pokud je hostující virtuální server napaden, nesprávně nakonfigurován nebo ovládán někým, komu plně nedůvěřujete, mohly by být tyto přihlašovací údaje odhaleny.